وزارتخانه‌ها سهم بالایی در مالکیت پالایشگاه‌های ایران دارند. از میان ۵۰ سیت هیئت مدیره ۱۰ پالایشگاه ایران، سهم وزارت نفت ۱۲ سیت، وزارت کار ۱۲ سیت، وزارت دفاع ۸ سیت و وزارت اقتصاد ۳ سیت است.